Le 13 octobre 1977, un chasseur découvre le corps déchiqueté de Rudolph Flükiger dans une forêt jurassienne côté français. Ce jeune soldat bernois avait mystérieusement disparu lors d'une course d'orientation. L'enquête conclut à un suicide, mais sa mort reste un mystère.

Quelques jours plus tard, c'est Hans-Martin Schleyer, le patron des patrons allemands, qui est retrouvé mort dans le coffre d'une voiture près de Mulhouse. Il était l'otage du commando terroriste allemand « Fraction Armée Rouge ».

Le 2 mars 1978, le caporal de police Rodolph Heusler, est retrouvé mort par balles dans une maison désaffectée près de Porrentruy. Un autre policier est accusé de meurtre et condamné à la prison à vie. Libéré il y a quelques années, il conteste, aujourd'hui encore, avoir tué son collègue.

Zone d'ombre se penche sur les années de plomb qui ont marqué la région jurassienne à la veille de son indépendance et tente de savoir s'il existe un lien entre ces affaires.

Les invités sur le plateau :
Ursula Stockli, soeur de Rudolph Flukiger
Arthur Hublard, Ancien Juge d'instruction
Yves Petignat, Journaliste « Le Temps »
Hervé de Weck, Historien et ancien rédacteur en chef de la revue militaire suisse
Geneviève Aubry, Ancienne Conseillère nationale PRD