Un an après la diffusion du Trésor enfoui de Saqqara, ce film revient sur la mission archéologique menée par le département des Antiquités égyptiennes du Louvre sur le site égyptien. Il rend compte avec succès de l'incroyable richesse archéologique et scientifique de la plus ancienne nécropole d'Égypte.

Le réalisateur a pour cela participé aux deux dernières campagnes de fouilles. En 2005, l'équipe entreprend la restauration et l'exploitation des tombes dégagées l'année précédente. Frédéric Wilner rend ainsi hommage au travail minutieux des spécialistes : archéologues, restaurateurs, dessinateurs, radiologues. Il nous fait partager leurs doutes, leurs analyses et leur passion. Mené sous la forme d'une enquête, ce film distingue trois chantiers en trois séquences qui possèdent chacune sa propre logique.

Nous retrouvons d'abord Guy Lecuyot qui explore et étudie la tombe située à l'ouest du site. Le deuxième chantier est consacré à l'exploration et l'étude d'une grande galerie souterraine contenant deux grands sarcophages de bois, quelques tombes creusées dans le rocher ainsi qu'une quantité impressionnante de momies et de matériel funéraire.

Enfin, dans le puits H, les archéologues ont découvert un sarcophage d'une taille extraordinaire qui rejoindra les trésors stockés dans le magasin principal en attendant la construction prochaine d'un musée à l'entrée du site.